Přejít na obsah

Základy modelování buněčných systémů (ZMB)

Kredity: 5 ( Přednášky: 2, Cvičení: 2)
Semestr: ZS/LS
Zakončení: zp
Garant: Georgiev Daniel
Přednášející: Georgiev Daniel
Cvičící: Georgiev Daniel

Anotace

Předmět má tři hlavní cíle: 1. Seznámit studenty se základními buněčnými složkami a s jejich funkcemi, např. se strukturou DNA, RNA a strukturou proteinů a uvést jejich propojení v centrálním dogmatu molekulární biologie. 2. Zavést standardní kvantitativní modely biologických systémů i vazby na základní principy. 3. Uvést příslušné analýzy a identifikační metody a seznámit studenty s jejich praktickou hodnotou. 

Přehled látky

Biologie (4 přednášky): Úvod, centrální dogma molekulární biologie, regulační mechanismy a transdukce signálů, a další mechanismy 

Modeling (5 přednášek): Fundamentální stochastický model, deterministický model chemických reakčních sítí, další deterministické modely, analýza modelů, běžné motivy. 

Identifikace (3 přednášky): Identifikační přístup, identifikace struktůry, identifikace kinetiky. 



Požadavky

Studenti jsou ohodnoceni zápočtem. K jeho získání, se studenti musí aktivně zúčastnit přednášek a prezentovat vybraný buněčný subsystem a jeho model. 



Literatura

  • Doporučená: Gerald Karp. Cell and Molecular Biology: Concepts and Experiments. Wiley, 2007. ISBN 978-0-470-04217-5. 
  • Doporučená: Zoltan Szallasi, Jorg Stelling, and Vipul Periwal. System Modeling in Cellular BIology: From concepts to nuts and bolts. The MIT Press, 2006. ISBN 0-262-19548-8.